O Zoológico de Brasília desempenha um papel crucial na conservação de diversas espécies ameaçadas de extinção, participando ativamente de programas de conservação coordenados pela Associação de Zoológicos e Aquários do Brasil e pelo Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade, por meio dos Planos de Ação Nacional para Conservação de Espécies Ameaçadas. Esses programas foram construídos para proteger as espécies em seu próprio habitat e, também, garantir que estejam em boas Instituições, comprometidas com a conservação e o bem-estar de cada indivíduo.

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Aves

Jacutinga (Aburria jacutinga)

Papagaio-de-cara-roxa (Amazona brasiliensis)

Papagaio-de-peito-roxo (Amazona vinacea)

Papagaio-chauá (Amazona rhodocorytha)

Ararajuba (Guaruba guarouba)

Harpia (Harpia harpyja)

Mamíferos

Bugio preto (Alouatta caraya)

Macaco-barrigudo (Brachyteles arachnoides)

Cervo-do-pantanal (Blastocerus dichotomus)

Lobo-guará (Chrysocyon brachyurus)

Tamanduá-bandeira (Myrmecophaga tridactyla)

Onça-pintada (Panthera onca)

Ariranha (Pteronura brasiliensis)

Cachorro-vinagre (Speothos venaticus)

Mico-leão-dourado (Leontopithecus rosalia)

Sauim-de-coleira (Saguinus bicolor)